ناصرالدین شاه در کنار تمامی نقاط منفی و تیره‌ای که در کارنامه اش ثبت شده، در سرکوب فتنه بابیت و بهاییت (فتنه‌ای که کیان کشور را هدف گرفته بود) نقش بسزایی ایفا کرد.
یکی از سران بهائیت مدعی شد به مدیران ادارات آموزش و پرورش وظیفه‌ی شناسایی دانش آموزان بهائی و جذب آنان به اسلام داده شده و از رؤسای دانشگاه نیز خواسته شده که با توجه به ممنوعیت تحصیل بهائیان در دانشگاه‌ها به این موضوع نظارت کنند.
بر خلاف شعار تساوی زن و مردی که در بهائیت سر داده می‌شود، بهائیان از حضور در بالاترین ارکان رهبری این فرقه، از جمله مقام ولایت امری محروم هستند.
گیتی فرهنگ یکی از اعضای بلند پایه تشکیلات بهائی در سال های 59-1357 در برنامه رسمی تشکیلات بهائی اعتراف به حضور فعال این فرقه در کودتای نوژه کرد.
